W 1851 r. osiadł w Rzymie – zamieszkał w domu swej ciotki Zofii z Branickich Odeschalchi, która odgrywała ważną rolę w życiu polskim tego miasta. Poznał wówczas Zygmunta Krasińskiego, z którym się zaprzyjaźnił – a także innych znakomitych myślicieli, m.in. Augusta Cieszkowskiego, Hieronima Kajsiewicza czy Maurycego Manna. W 1858 r. Czacki ogłosił utwór poetycki Wiązanka, dwa lata później Zorzę wieczności, w następnym roku kolejny – Ostatnia próba, zaś w 1862 r. najwyżej ceniony Bądź co bądź. W 1868 r. przyjął święcenia kapłańskie. Wysoko ceniony przez papieża Piusa IX, awansował w hierarchii watykańskiej – m.in. zajmował się korespondencją papieską. Pisywał bezimiennie publicystyczne broszury Reponse á la brochure: „Le Pape et le congres” par un gentilhomme Polonais, (1860); La Pologne et la Catholicité; List o Polsce i Państwie Kościelnym, (1860); Les Catholoques et l’Eglise de Pologne, (1863); Rome et la Pologne, (1864), wyd. polskie 2002; Stanowisko duchowieństwa polskiego w dzisiejszym położeniu, (1867); opublikował też traktat A’la veille du concile (1869) i dzieło Kościół i postępowość (1868); pisał również drobniejsze artykuły. W 1870 r. wstąpił do kongregacji di Santo Uffizio. Pius IX uczynił go następnie sekretarzem kongregacji Dei studi. Niechętny ówczesnym jego awansom był sekretarz stanu Państwa Kościelnego kardynał Giacomo Antonelli, ale nie zatrzymało to kariery Czackiego. W 1879 r. został arcybiskupem Salaminy. W tym roku rozpoczął też misję w roli nuncjusza Leona XIII w Paryżu – trudną z uwagi na specyfikę relacji Kościół-państwo w republikańskiej Francji. W 1882 r. mianowano go kardynałem – powrócił do Rzymu, gdzie spędził ostatnie lata życia, zmagając się ze złym stanem zdrowia, ale wciąż odgrywając ważną rolę na dworze papieskim. Zmarł 8 marca 1888 r. w Rzymie.